Henrik Gerners Vej blev navngivet i 1942, da byrådet ønskede at benytte bestemte grupper af navne i de enkelte kvarterer, og derfor opstod bl.a. et digterkvarter ved Brostrøms Toft. Vejen er opkaldt efter biskop Henrik Gerner (1629-1700). Henrik Gerner blev udnævnt til biskop i Viborg og ejede Karnapgården i Mogensgade. Under Frederik III var han med ved forsvaret af Kronborg i Svenskekrigen.