Sct. Mortens Kirke lå på vestsiden af Riddergade. Efter reformationen anlagde man en ny gade, Skolebakken, hen over tomten. Et nu nedlagt stræde mellem Domkirkestræde og Brænderigården omtales i 1508 som strædet, der løber til Sct. Mortens Kirke. En sokkelsten fra en apsis fundet i Viborghallens have i 1934 kunne tyde på, at denne ganske store kirke også var forsynet med apsis. I skriftlige kilder omtales kirken først i 1440 og sognet i 1477. Sankt Mortens Sogn omfattede bl.a. ejendommene mellem Domkirkens kirkegård og Sct. Mathias Port.

Kirken blev undersøgt af Viborg Museum i 1961 og 1963, og i 2010 blev den sydøstligste del af kirkegården samt det tilstødende kirkegårdsdige undersøgt af museet.