Kirken er opført i midten af det 13. århundrede og hørte til Sortebrødreklostret, der husede Viborgs dominikanermunke. Den gennemgik en stor restaurering i 1912.

De gamle malerier på kirkens stoledøre er malet af Mogens Chr. Thrane, der levede sine sidste år i Morvilles Gård, hvor han døde i 1764. Altertertavlen er et nederlandsk mesterværk fra det 16. århundrede. Den hang oprindeligt i Københavns Slotskirke, men blev skænket til Søndre sogns kirke af kong Frederik IV ved invielsen i 1728 efter branden og genopbygningen. Der måtte siden foretages større istandsættelser, og tårnet blev erstattet af det nuværende i 1876.