Man ved, at sortebrødre- eller dominikanerklostret eksisterede i 1246, men det er muligvis grundlagt allerede i 1227. Det havde en central beliggenhed på en bakketop midt i byen, hvor nu Søndre Sogns kirke ligger. Byggeriet startede i biskop Gunners embedsmandsperiode, og som tidligere cistercienserabbed har han muligvis medvirket til at skaffe en bygmester, der kendte til denne type bygningsværk, som har arkitektoniske ligheder med de samtidige jyske cistercienserkirker i Vitskøl, Øm og Løgum.

Anlæggelsen af det store klosterkompleks med nordfløj, vestfløj, østfløj og forskellige tilbygninger strakte sig over mange år og sluttede først omkring år 1500 med opførelsen af en korsgang i to stokværk langs kirken. Kirken brændte under den store brand den 25. juni 1726 ligesom også domkirken, bispegården, rådhuset og mange andre bygninger blev flammernes bytte. Som de andre offentlige bygninger blev også Sortebrødre kirke genopført og tog derefter, i 1728, navneforandring til Søndre sogns kirke.